Здание этого общеобразовательного учреждения входит в список первоочередных объектов социальной инфраструктуры, реализация которых проходит в рамках развития Новосибирского научного центра (ННЦ). Реконструкция объекта проходит по поручению Губернатора Новосибирской области Андрея Травникова, за счёт областного бюджета.
Типовой проект будущего объекта учитывает все особенности данной территории и включён министерством строительства РФ в реестр экономически эффективных.
Снос старого (1958 года постройки) здания гимназии №3 начнётся 5 июня, сейчас завершается подготовка к сносу. Министр строительства Новосибирской области Иван Шмидт отметил, этот этап станет вторым в процессе возведения нового здания гимназии. Первый этап работ уже проведен. Иван Шмидт рассказал, подрядчик завершает подготовительные работы и освобождает здание под снос.
Новая гимназия позволит обеспечить комфортными современными условиями для получения образования вдвое больше детей, чем раньше. Если старое здание было способно принять 550 учеников, то новое будет рассчитано на 1100 гимназистов, это отвечает задачам развития данной территории, входящей в ареал Новосибирского научного центра. Новая гимназия входит в список первоочередных объектов социальной инфраструктуры ННЦ как территории, на которой активно развивается жилищное строительство и социальная инфраструктура.
Строительство нового здания МБОУ г. Новосибирска «Гимназия №3» ведется в рамках государственной программы «Развитие образования, создание условий для социализации детей и учащейся молодежи в Новосибирской области». На строительство из бюджета региона в 2020 году направлены дополнительные средства – 150 млн рублей. Новое здание разной этажности – от 2 до 4 этажей с несколькими спортивными залами, актовым залом и столовой.
Строительство объекта планируется закончить в 2022 году.